Sein Repertoire als Sänger umfasst Werke von Barock bis zur Moderne und sein spezielles Interesse gilt dabei der Kirchenmusik und dem romantischen Lied. Eine rege Konzerttätigkeit und Operntournee führte ihn durch die Schweiz und ins angrenzende Ausland. Markus J. Frey unterrichtet Gesang in Hettenschwil, und Rudolfstetten, leitet Stimmbildungskurse bei verschiedenen Chören und ist Chorleiter in Leuggern, Seltisberg, Rudolfstetten und Zofingen. Ab Sommer 2012 ist er Leiter der Kirchenmusikschule des Kantons Aargau.